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Criterio natural

"Ser ejemplos eminentemente representativos de las grandes etapas de la historia de la Tierra, incluido el testimonio de la vida, significativos procesos geológicos en curso en la evolución de las formas terrestres o geomorfológicos o fisiográficos con características de alta significado."

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El archipiélago Madre de Dios muestra una notable evolución geológica desde el final del Paleozoico. El archipiélago muestra la zona emergida de un antiguo prisma sedimentario de acreción formado frente al paleo-continente Gondwana. Este antiguo archipiélago volcánico con sus atolones de coral del Pérmico-Carbonífero quedó aprisionado entre los sedimentos vulcano-sedimentarios. En la Era Secundaria (Cretácico), la subducción favoreció la formación del gran batolito patagónico (granito) y  la metamorfización parcial de las calizas de Madre de Dios. La karstificación se habría iniciado la Era Terciaria. Luego, las glaciaciones del Cuaternario y la acción del mar (transgresión / regresión glacio-eustáticas) han dado forma al archipiélago actual.